ANNOVAR(3):更新COSMIC数据库(v70+)

由于 COSMIC 更新了许可限制,因此 ANNOVAR 提供的 COSMIC 数据库注释最后一版是 v70,之后的版本虽然 ANNOVAR 没有提供,但是 Kai Wang 却很贴心地提供了更新的脚本,用户可以根据文档,自己将 v70之后版本的 COSMIC 转换成 ANNOVAR 的注释数据库。

所需原始数据及程序

COSMIC 数据库 V83 后,以下文件可以直接通过官网点击 Data......

ANNOVAR(2):关于注释数据库

使用 ANNOVAR 来注释基因组中的突变,首先要下载 ANNOVAR 的注释数据库。如果你需要经常地更新注释数据库,又或者你是“不更新会死星人”,想使用最新的数据库,那么这篇文章也许对你有帮助。

除此之外,ANNOVAR 的注释数据库更新一般会改正一些错误,比如17年10月的一次数据库更新,改正了以前长期存在的 Clinvar 数据库中,同一个 SNP 多种 allele 都注释到同一个......

PyInstaller打包python脚本的一些心得

因为在公司经常要帮同事做一个从excel表格中提取出需要的内容的重复工作,比较繁琐还容易出错;于是就想着要写个程序,但是同事又不可能在电脑上也装上python以及相关的包依赖(别人一看就觉得太麻烦而且太冗余),于是就想着将写好的python脚本打包成......