# 生物信息

解包一个 PAR 打包的 perl 程序源码

最近在流程debug时,和同事发现一个perl脚本有问题;然后发现这个perl脚本是别人打包好的,所以看不到源码。我就想把这个perl脚本给解包(不敢称为反编译,因为实际上也没做反编译)了。

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阿里云PBS作业排队管理

找了很久PBS的文档,阿里云的PBS应该是OpenPBS,现在名字叫做[PBS Pro](https://www.pbspro.org/),找了很久才找到个18.2版本的说明书,虽然服务器上的是18.1,但是版本相差不大,应该也通用。

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记录 VEP 关于 COSMIC 注释的一个坑

工作中有用到VEP,确实是一款出色的注释软件。相比ANNOVAR,最大的优点是支持HGVS标准的注释。

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基因组、cDNA、氨基酸坐标转换神器:Transvar

## 简介

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ANNOVAR (3): 更新 COSMIC 数据库 (v70+)

由于 COSMIC 更新了许可限制,因此 ANNOVAR 提供的 COSMIC 数据库注释最后一版是 v70,之后的版本虽然 ANNOVAR 没有提供,但是 Kai Wang 却很贴心地提供了更新的脚本,用户可以根据[文档](http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/filter/#cosmic-annotations),自己将 v70之后版本的 COSMIC 转换成 ANNOVAR 的注释数据库

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ANNOVAR (2): 关于注释数据库

使用 ANNOVAR 来注释基因组中的突变,首先要下载 ANNOVAR 的注释数据库。如果你需要经常地更新注释数据库,又或者你是“不更新会死星人”,想使用最新的数据库,那么这篇文章也许对你有帮助。

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annovar 注释软件

##ANNOVAR简介

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Pileup Format 学习笔记

Pileup format is first used by Tony Cox and Zemin Ning at the Sanger Institute. It desribes the base-pair information at each chromosomal position. This format facilitates SNP/indel calling and brief alignment viewing by eyes.

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SAM 文件学习笔记

## The SAM Format Specification

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PCR 引物设计

话说去植物园实习已经一个暑假了,但是实验做到瓶颈,提取出来的DNA老是无法扩增出来,尝试过很多文献上的引物都无效,但是提取方法也已经改进了很多了。

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